Carl Gustav Fleischer var utdannet ved Krigsskolen og Den militære høyskole og ble deretter tatt opp som aspirant i generalstaben. Han hadde gjennom nærmere 30 år flere ledende militære stillinger, hvor han opparbeidet seg stor kunnskap om militærvitenskap og det norske forsvaret.
Fleischer var motstander av politisk innblanding i militæret, og han var en sterk kritiker av forsvarsordningen av 1933, som medførte en nedbygging av det norske forsvaret. Fleischer sto i et motsetningsforhold til Otto Ruge, som deltok i utformingen av forsvarsordningen.
Etter angrepet på Norge 9. april 1940 ble Ruge utnevnt til kommanderende general og deretter forsvarssjef. Ruge ledet den militære motstanden under felttoget i Sør-Norge, mens Fleischer ble øverstkommanderende for Nord-Norge etter at den sivile og militære ledelsen i Nord-Norge var avskåret fra kommunikasjon med Sør-Norge. Han hadde erklært Nord-Norge som krigsskueplass 10. april 1940.
Med sine militære kvalifikasjoner og personlige egenskaper ledet Fleischer de nordnorske styrkene i en vellykket offensiv mot den tyske invasjonshæren. I to måneder kjempet nordmennene, sammen med de allierte i Narvik og fjellene rundt. Den 28. mai 1940 lyktes de med å gjenerobre Narvik, og i begynnelsen av juni var de tyske styrkene presset helt opp mot svenskegrensen.
Mens styrkene i Sør-Norge måtte overgi seg etter kort tid, var felttoget i nord det eneste hvor norske styrker gjennomførte langvarige vellykkede offensive operasjoner mot den tyske invasjonshæren.
For Fleischer og hans soldater ble det et hardt slag da den allierte hjelpen ble trukket ut og de norske styrkene ble tvunget til å demobilisere i juni 1940.
Slaget om Narvik blir omtalt som Hitlers aller første nederlag i andre verdenskrig. For de allierte, ble Narvik og Norge et symbol og et godt eksempel på samhold og styrke for den videre kampen i Europa.
I løpet av de siste ukene av felttoget forsterket Fleischers motsetningsforhold til både Ruge og regjeringen seg. Han viste motvilje da han måtte underordne seg Ruge, og han var uenig i mange av de militære og politiske avgjørelsene som ble tatt i tiden rundt kapitulasjonen. Da kongen og regjeringen forlot et fritt Tromsø 7. juni 1940, ble Fleischer beordret til å følge med, mot sin vilje.
I Storbritannia ble Fleischer sjef for Hærens Overkommando. Hans mål var å bygge opp en ny norsk hær som skulle være spydspissen i gjenerobringen av Norge. Regjeringen ønsket derimot å prioritere marinen og flyvåpenet. Konflikten med regjeringen og den militære ledelsen, samt hans manglende evne til å samarbeide med britene, førte til at han mistet kommandoen over styrkene han var i ferd med å bygge opp. Fleischer ble i stedet tildelt en underordnet stilling i Canada. Der tok han sitt eget liv den 19. desember 1942. Dagen før ble han tildelt Krigskorset med sverd. Nyheten nådde ham ikke før han døde.