Milorgkarer henter flyslipp i fjellet.
Grunnlaget for en militær motstand ble lagt allerede etter felttoget, da mange gjemte unna våpen og holdt seg i form for å forberede seg på kamp mot okkupasjonsmakten.
Våren 1941 opprettet Milorg kampgrupper i Sør-Norge, og i november samme år ble organisasjonen anerkjent av regjeringen i London som en del av det norske forsvaret.
Samtidig som Milorg ble bygget opp som en militær motstandsorganisasjon, ble folk fra Kompani Linge sendt fra Storbritannia til Norge for å utføre aksjoner. De var underlagt britiske Special Operations Executive (SOE) og senere også Forsvarets Overkommando (FO). I begynnelsen var det et komplisert forhold mellom SOE og Milorg, men fra 1943 samarbeidet aktørene tett i motstandskampen.
Menn fra Kompani Linge ble sendt til Norge for å trene opp Milorg-jegere, og Milorg ble tilført store mengder våpen og materiell fra Storbritannia. Det kom via Shetlandsgjengens båter og fra totalt 717 vellykkede flyslipp, som hovedsakelig ble utført de siste månedene av krigen. Hemmelige meldinger om slippene ble gitt til motstandsgruppene over radio, deretter ble forsyningene sluppet i øde områder. I tillegg ble forsyninger fraktet inn via Sverige.
Milorg skulle være i beredskap for å bistå ved frigjøringen av Norge, enten ved en alliert invasjon, eller ved eventuelle sluttkamper med tyskerne.
De skulle også forhindre tysk ødeleggelse av viktig infrastruktur i krigens sluttfase.
Den militære motstanden ble kraftig styrket det siste krigsåret, og det ble opprettet permanente celler i skogsområdene, etter hvert kjent som «gutta på skauen».
Fra våren 1944 fikk Milorg også klarsignal for å utføre sabotasjeaksjoner mot okkupasjonsmakten. Alene og i samarbeid med Kompani Linge utførte de sabotasje mot blant annet arbeidstjenestens kontorer og krigsviktige mål som jernbane, bensin- og oljelagre.
Gjennom disse aksjonene viste de okkupasjonsmakten sin militære styrke.
Siden Tyskland kapitulerte og avslutningen av krigen ble fredelig, kom de fleste Milorg-styrkene aldri i kamp.
Da krigen var over, besto Hjemmestyrkene av 40.000 mann. Deres hovedoppgave ble å sikre en rolig og ordnet overgang til freden. Den 15. juli 1945 ble de dimittert.
